パイロットとロボットが分離されたため、前作では誰にでもできた「説得」は一部のキャラにしか行えなくなった。また、条件を満たさないと説得できないキャラも居る。しかも説得で仲間になったキャラは一部除きスポット参戦に留まるのだが、原作で死亡するはずのキャラが仲間になるというカタルシスを生み出したのは間違いない。

前作で各キャラに3つあった武装枠は2つに減らされ、遠距離攻撃と近接攻撃は明確に区分されている(遠距離攻撃を無効化する化け物も居る)。このため初代ガンダムが近接攻撃(ビームサーベルとビームライフルだがどちらも射程1)しかできないなど、現在のスパロボとは大分感覚が異なる。

本作独自の仕様として、素早さが相手より50以上高いと2連続で攻撃が可能な再攻撃・再反撃システムが挙げられる。

第2次スーパーロボット大戦Gは直前に発売された第4次スーパーロボット大戦のシステムにリメイクされており、基本的なシステムはそちら(つまり現行のスパロボにかなり近い)に準拠する。例えばエネミーフェイズで味方側を反撃するか回避するか防御するかのコマンドが実装されている。

PS版はスーパーロボット大戦F及びF完結編のシステムが導入されている。本作ではガンダム系キャラ及びロボの性能(特に精神コマンド)があまり良くなく、基本的にはスーパーロボットの方が強いという「F」「F完結編」とはある種真逆のバランスになっている。なお、PS版はコンプリートボックス収録のものと単体版があるが、セーブデータの互換性がないので注意。

余談

オリジナル版・第2次G・PS版ではBGMが殆ど異なる。PS版は同じシステムでリメイクされているCB版「第3次」「EX」と違い、独自BGMがなく完全にF・F完結編のBGMの使い回しとなっている。

第2次Gは「Vガンダム」「Gガンダム」のキャラ以外に剣鉄也と、隠しとしてリューネとヴァルシオーネが仲間になる。オリジナル版、PS版には無い展開である。また、逆に第2次で登場していたレコア・ロンドやプルツーが登場しない。

オリジナル版、第2次G、PS版ともに次回作の「第3次」に繋がりはするのだが、オリジナル版とPS版は「第3次」におけるレコアとプルツーの描写と矛盾が生じており、第2次Gについては剣鉄也とリューネが「第3次」に、参戦作品の「Gガンダム」が「F」に繋がらない(ただし前者はファンサービス的なものである事を示唆したメタ台詞がある)。そのため「F」発売前は第2次GがDC戦争シリーズにおける正史と設定されていたが、「F」の発売後は逆に第2次Gがパラレルワールドであると設定されるようになった。