ここからプレイヤー側はタッグマッチとなり、ポポ（ムシキングを使っている場合はムシキング）から「2匹目のムシカードをスキャンして」とアナウンスされる。ただし、タッグ相性によっては最後でゲームオーバーになる、よく考えてスキャン(ムシカードなしのカブトムシが含まれると一律でタッグ相性△)しよう。わざカードはどれでもクリアできるし、話ごとに変える事もできる。「全編を通してわざカードなし」という縛りプレイもできる。

その4「つくられたムシたち」

強さ180の甲虫がランダムで敵として登場する。羽化直後の強さは160（カスタマイズの影響で170になっているが）。

敵のカスタマイズは「超必殺わざ」と「とくしゅわざ」2枚。

完全体の強さは240（カスタマイズ込みで250）。

また、このバトルのBGMが「復活の森編」でも流れた改造コーカサスオオカブトのテーマとなる。

その4終了後のイベント

こちらはプレイヤー側は一切操作できず、合体必殺わざで1回攻撃するだけとなる。

こちらがムシキングを使っている場合は改造アクティオンゾウカブトを、使っていない場合は改造ヘルクレスオオカブトを倒す。

勝利するための条件は「2匹のタッグ相性が◎か○であること」と「4戦目終了時点で2匹とも体力が残っている」の2つ。これを満たしていないと合体わざ途中で倒されて不発になり、残り体力などに関わらずゲームオーバーとなる。

ここをクリアするとポポが「最後のお話に進むためのコマンド」（ボタン2つ押し）を教えてくれる。

クリア後、ポポはアダーを捕まえようとするが、ギリギリのところで地下に落とされ、ごみの森に辿り着く。

最後のお話

「続きのお話」のその4で使用した2匹のムシカードを引き続き使用する。

その1「ごみの森」

アダー「ポポ、ここがお前の墓場だ！」

敵は強さ120。カスタマイズは「超必殺わざ」と「とくしゅわざ」2枚。

不法投棄されたゴミだらけになった森を見てポポは絶望する。

ポポ「ここは…森なの？森じゃないよ！」

アダー「お前の墓場には、ここが最も相応しい！」

その2「プラスチック」

敵は強さ160、MAXカスタマイズ（ちなみに究極必殺わざはこの時点では使えない）。

ここからたまに威嚇して裏をかいてくることがあるので注意が必要。

ポポ「どんな手で来ても、僕は負けないぞ！」

アダー「お前は何も分かっておらん。ここは人間が作り出した森じゃ。お前ごときに、どうすることもできぬ！」

アダー「この木を見ろ！永遠に朽ちることの無い木、プラスチックじゃ！」

その2クリア後、アダーは壊れたテレビの中に移動する。

アダー「ポポ！こっちじゃ！」

その3「どくえき」

敵は強さ180。カスタマイズは「テクニック20のわざ」2枚と「かいふく」。パーが必殺わざだと超必殺わざを使わない。

ここから壊れたテレビの中での戦いとなる。

ボタンを押すのが遅いと上から落ちてくる毒液によってダメージを受けてしまうので注意しよう。

ポポ「気を付けて！上から落ちてくる水に当たるとダメージを受けるみたいだよ！」

なお2ターン目はじゃんけんの勝敗に関係なく、必ず少量のダメージを受ける仕様になっている。

その4「最後の戦い」

ここから敵もタッグマッチになる。1匹目は強さ120、2匹目は強さ200。

カスタマイズは2匹とも「相性◎のわざカード」1枚（稀に超必殺わざ）と「とくしゅわざ」2枚。

タッグ相性は△が多いが、「1匹目がハスタートノコギリクワガタまたはウォレスノコギリクワガタ、2匹目がギラファノコギリクワガタ」の場合のみタッグ相性◯になる。

ちなみにBGMは復活の森編の「奴を逃すな」（続きのお話のその4）や、2006セカンドの「ごみの森」「ねったいの森」「炎のバトル」の最後の敵と同じ。

2ターン目からテレビの崩壊が始まり、天井から部品が降ってくるようになる。

ボタンを押すのが遅いと部品にあたって大ダメージを受けるので注意しよう。

ポポ「危ない！上から何か降ってくる！あれに当たったら大変だよ、気を付けて！」

ポポ「何だか上が崩れてきてる。急がなきゃ！」

2匹の赤目甲虫を倒した後、「お前の負けだ！」とアダーを追い詰めるが…。

その4終了後のイベント

崩壊寸前のテレビからの脱出に成功したポポ。アダーを追跡しようとするが…。

ムシキングを使っていない場合、その4終了時点での残り体力に関係なくアダーに逃げられてしまいゲームオーバーとなる。

ポポ「こんな時、ムシキングがいてくれたら…！」

ここをクリアするための条件は「2匹の内のどちらかがムシキングであること」と「その4終了時点でムシキングが生き残っていること」。両方とも満たしていないと「本当の最後のお話」に進めない。

以上の条件を満たしていると、ムシキングがポポを背中に乗せてテレビから脱出する。

ポポ「危ない！」

ムシキング「ポポ、こっちだ！」

ポポとムシキングは逃げようとしているアダーを見つけ、追跡する。

ポポ「あっ、アダーだ！待て！」

ここをクリアするとポポが「本当の最後のお話に進むためのコマンド」（ボタン2つ押し）を教えてくれる。

本当の最後のお話

「最後のお話」のその4で使用した2匹のムシカード（その内のどちらかはムシキング）を引き続き使用する。

その1「温暖化」

ごみの森を脱出したポポとムシキングは、アダーを追跡。再び熱帯の森での戦いが始まる。

ポポは「熱帯雨林やごみの森もアダーの仕業」だと思っているが、アダーは現実を説明する。

敵は強さ140。カスタマイズは「テクニック50のわざ」2枚と「とくしゅわざ」1枚。

最初のターンから以下の会話が始まるのでヒントは少ないが、敵の思考ルーチンは今までと同じ。

ポポ「アダー、どうして悪いことをやめないんだ！」

アダー「お前はこの熱帯の森やプラスチックの森をわしが作ったと思うのか？」

アダー「気付かぬか？この辺りは毎年少しずつ暑くなっているのじゃ！」

その1クリア後、アダーは自身の工場へ戻る。

アダー「こっちじゃ！決着をつけてやる！」

その2「工場での決戦」

ここから再び工場での戦いが始まる。

敵は1匹目が強さ120、2匹目が強さ160。

カスタマイズは1匹目が「テクニック80のわざ」2枚と「とくしゅわざ」1枚、2匹目はとくしゅわざ3枚である。

ここからたまに威嚇して裏をかいてくることがあるので注意が必要。

2匹目との戦闘が始まると、以下の会話が始まる。

アダー「ええい、不甲斐ない！蛹どもよ、早く孵らぬか！グズグズするな！」

（※2匹の蛹に光線を浴びせるアダー）

ポポ「やめて！まだ蛹なのに！死んじゃうよ！」

アダー「早く出てきて戦うのじゃ！」

ポポ「やめろ、アダー！やめるんだ！」

（※BGMが改造コーカサスオオカブトのテーマに変わる）

その3「早過ぎた羽化」

ポポ「やめろ！まだちゃんと育ってないのに！」

アダー「構うものか。代えはいくらでもおるわ！」

2匹の改造甲虫と戦う。1匹目は強さ180、2匹目は強さ200だが、羽化直後は強さが非常に低くなっている（わざカードとタッグ相性なしだと1匹目は強さ120、2匹目は強さ140）

カスタマイズは1匹目は何故かわざカード無し、2匹目は「超必殺わざ＋とくしゅわざ2枚」となっている。

敵のタッグ相性は△が多いが、「1匹目がサタンオオカブト、2匹目がヘルクレスオオカブトまたはヘルクレスリッキーブルー」の場合のみタッグ相性◯になる。

※「グランディスオオクワガタとパラワンオオヒラタクワガタ」「アクティオンゾウカブトとマルスゾウカブト」の組み合わせは無い。

1匹目がスーパーアタックタイプのパラワンオオヒラタクワガタまたはコーカサスオオカブト（ともに羽化直後は体力82）の場合、プレイヤーの必殺技のすくみによっては開幕必殺わざ一撃で倒せる場合もある。なお、この時はマルスゾウカブトは登場していない為、1匹目がアタックタイプになる事はない。

2匹目の敵が最初のターンで「アダー様、苦しい…。許してください…。」と泣き叫ぶシーンはトラウマである。

※前述した1匹目が一撃で倒された場合、トラウマがさらに深くなるだろう…

これに対しアダーは「黙れ！ポポを倒すのじゃ！」と返し、それを聞いたポポは「アダー！もうムシを操るのはやめろ！」と激怒している。

また、このやりとりの後からBGMが変化する（「アダー工場」や「さなぎきゅうしゅつ」の3戦目と同じ）

2匹の改造甲虫を倒した後、アダーは「覚えておれ！」と言って逃亡。2匹の改造甲虫は犠牲となったが、残りの蛹たちは救出された。

※その2でのポポの台詞から推測すると、おそらく2匹の改造甲虫は死亡したと思われる。

パプアキンイロクワガタを使っていない場合、ここでゲーム終了となる。

※ゲーム終了後にポポから「みんな、このムシ（パプキン）が僕に何か話しかけているんだ。見たことがないムシだなぁ。このムシを見かけたら、一緒にゲームをやってみて。」とアナウンスされる。

「ムシキングとパプアキンイロクワガタの組み合わせ」で、かつ「パプアキンイロクワガタの体力がその3終了時点で残っている」場合、その4に進むことができる。

※ムシキングの方はその3終了時点で体力が0になっていても、その4に進むことができる。

パプキン「僕たちの森にも赤い目のムシが…。ポポ、助けて…。」

その4「さばくの森」

ポポ達はパプアキンイロクワガタの故郷であるパプアニューギニアの森を訪れるが、そこは砂漠化しており、草や木が一本も無いという現実に絶望した。

また、アダーはいなくなったのにまだ赤目甲虫が暴れていた…。

敵は1匹目が強さ100、2匹目は強さ140。カスタマイズは2匹とも「超必殺わざ」と「とくしゅわざ」2枚。

なお、ここでは在来種となるパプアニューギニアの虫が登場する事もある。一方、パプアニューギニアでは外来種となる日本の虫はここでも敵として登場しない。

仕様上、タッグ相性は〇で固定。

この時点で「強さ140と100の組み合わせ」でタッグ相性〇にならないのは「オオクワガタとジャンボ含むコクワガタ」「ミクラミヤマクワガタとミヤマクワガタ」「強さ140のいずれかとムシカードなしのカブトムシ」だけ。

会話の流れは以下の通り。

ポポ「ここは…どうしちゃったの？草や木が一本も無い。」

1匹目の敵「雨だ。雨、降らなくなった。だからみんな枯れた。」

ポポ「酷い…。これじゃムシも妖精も生きていけない…。」

ポポ「アダーはいなくなったんだ。もう戦うのはやめろ。」

2匹目の敵「俺はお前倒すまで戦う。それ以外、考えられない。」

ポポ「こんな森で戦って何になるの？もうやめるんだ。」

2匹目の敵「お前、やっつける。それが俺の役目。」

ゲームクリア後、ポポはプレイヤーにこう言う。

「この森を何とか元に戻さないと！みんな、力を貸して！」

その4はアダーが逃亡した後のバトルなので番外編（2006セカンド以降のスペシャルステージに相当する）に近い位置付けだが、これを1級でクリアしないとムシキング公式ホームページで秘密情報を見るために必要なシークレットコードを見ることができない。

ちなみに1級の条件は「本当の最後のお話」を（その1からその4までを通して）ノーダメージクリアすること。

その他

データについて

アダーの計画編では、「本当の最後のお話」まで敵の思考ルーチンはアダー登場編の「やさしい」モードとほぼ同じである。
- そのため「本当の最後のお話」でもノーダメージクリアを狙うのはそれほど難しくない。
- ただし「続きのお話」以降は2ターン以上連続で勝つと敵が脚をジタバタさせるようになり、行動パターンが変わる。
- アダー登場編の第3話と第4話、復活の森編の最後のお話は「むずかしい」モードの思考ルーチンとなっていた。
当時のタッグマッチは「2匹とも倒されない限り負けにならない」「カウント7か2でボタンを押して勝てばタッチ（交代）できる」「タッチに失敗するとしばらく交代できなくなる」というルールだった。
- 2006セカンド以降は「片方の体力がゼロになったらその時点で負け」「カウントに関係なくボタンを2回押して勝てば交代できる」「交代に失敗してもペナルティがなくなり、直後のターンですぐ交代できるようになった」「交代できるかどうかはタッグ相性と控えの甲虫の残り体力によって変わる」というルールに変更された。
  - その関係で、アダーの計画編では敵は先鋒より次鋒の方が強さが上だったが、2006セカンド以降は先鋒の方が強さが上になっている。
復活の森編の改造コーカサスオオカブトが強すぎた反省からか、「羽化直後の甲虫は通常時と比べて弱体化されている」という実際の甲虫に基づいた設定が追加された。
復活の森編に比べて難易度がかなり低いので、「最後のお話以降の小型甲虫は究極必殺わざを装備させる」「2006セカンドのスペシャルステージのように敵の行動パターンをランダムにする」などをすれば良かったと言われることがある。
- 前述のシークレットコードの都合で
復活の森編までは小型甲虫の敵が威嚇して裏をかいてくる事は無かったが、今回から小型甲虫も「最後のお話」以降は時々威嚇してくるようになった。これは小型甲虫が敵として登場するのが「やさしい」と「さいしょのおはなし」の最初の2匹だけだった為。
- これは2006セカンドのスペシャルステージも同様である。

ストーリーについて

今までより難易度が下がった代わりに、「不法投棄」「人間でいう少年兵のようにアダーに扱き使われる羽化直後の甲虫たち」「砂漠化した森」など、今までよりもトラウマになる描写が多くなっている。
アダーの計画編のストーリーをモデルとした2006セカンド以降のモードとして「さばくの森」「ごみの森」「ねったいの森」「アダー工場」がある。
- 前2つは1対1、後ろ2つはタッグマッチのモードである。
- これらはDSソフト「スーパーコレクション」でも遊べる。
2007ファーストの「しろいはね」の2番目の敵までも、アダーの計画編の「最初のお話」の前半と同様に、日本甲虫との戦いとなる。
外国甲虫（パプキン）が日本に助けを求めに来るのは、これが初めてである。
この語も何かしらのストーリー進展を行う予定だったようだが、進展は実際にはアダー完結編まで待つ事になった。
- 2007ファーストで「しろいはね」と「さなぎきゅうしゅつ」のストーリーが追加されたが、「プレイヤー側の甲虫が羽化直後の状態から始まる」以外は新しい要素は特に無く、ストーリーもアダーの計画編までの焼き直し(背景や台詞もほぼ流用)に近い。