生物は長年の進化の歴史を経て、その土地で他の種類の生物との安定した関係を築き生態系を作っていくものだが、外来種は既存の生態系のバランスを崩し、場合によっては在来種との交配によって遺伝子汚染を引き起こす。同様の生態的地位を占める在来種と競合して絶滅に至らせたり、大繁殖して在来種を食い荒らしたりして、その土地の生態系を単純化させる。ワニガメやセアカゴケグモなど、場合によっては人間にも直接的な被害を及ぼす場合もある。生態系や人間社会に重大な悪影響を及ぼす種は侵略的外来種と呼ばれ、優先的に駆除の対象とされる。その中でも特に被害が甚大な種は、飼育や放出が禁止される特定外来生物に指定される。

ただし、オーストラリアのアカギツネや野良猫の様に、無理に外来種を排除することで在来種にもダメージを与えるケースもある。これらの外来種が、ネズミやウサギなど他の外来種を抑制しているためである。既に絶滅した在来種に近いニッチを占める外来種の導入により、過去に近い生態系が疑似的に再現されることもあり、「リワイルディング」として意図的な外来種の導入を支持する声も世界的に増えてきている。

なお、上記のトキの場合は野生個体群が激減し日本産個体の繁殖にも失敗したため、中国から個体群を移入せざるを得なかったが、似た様な事例は他にもあり、たとえばシフゾウの場合は本来の生息地では絶滅したが、海外に連れていかれた個体の子孫を再導入している。

外来種として問題になるのは多くの場合外国産の種である。日本列島は大陸から海で隔たっているため（朝鮮半島に近い対馬や本土から遠く離れた琉球諸島や小笠原諸島などを除いて)生物分布に一定のまとまりがみられるためである。ただし、北海道におけるカブトムシやゲンジボタルのように、本来その地域には生息せず、他の地方から移入されたとされる動植物も外来種であり、それらは国内外来種と呼ばれる。

侵入経路

動物の場合

　ペット用に持ち込まれた個体が逃げ出したり、捨てられたりしたもの（人気アニメによる火付け役である「あらいぐまラスカル」のブームで輸入されたアライグマや「甲虫王者ムシキング」のブームで輸入された外国産のカブトムシやクワガタムシなど）の他、食用（ウシガエルなど）や毛皮（ヌートリアなど）等の生物資源として導入されたもの、害獣の駆除目的として野に放たれたもの（ハブ対策として導入されたマングースなど）、放牧された生物が放置されたもの(ヤギ、アナウサギ等)等が多い。ヒアリのように貨物に混入されて輸入される場合もある。

植物の場合

船などの貨物や輸入された資材に種が紛れ込んでいたり（シロツメクサなど）、観賞用に草花を持ち込んだら種が拡散してしまった（セイタカアワダチソウなど）といったものが多い。食用の作物が野生化してしまったという事例もあるにはあるがオランダガラシなど比較的少数である。多くの食用作物は改良の過程で自然界で自力で生きる力を失っているためである。ただし雑草のエノコログサに作物の粟の遺伝子が混入するといった事態は起こりうる。