謎の移動物体の襲撃事件の翌日、エヴァチルドレン達のクラスに転入してくる。そのタイミングと何故か転校初日からシンジに積極的に接触を図るうえ、外部には秘密の筈のエヴァンゲリオンについての質問を繰り返し、さらに勝手にシンジの後をつけてネルフ本部に侵入までしたため、シンジとの距離が近い事に露骨に嫉妬を見せたアスカには昨日の騒ぎに関わっていて、NERVへのスパイではないかと疑われる。

その後、謎の移動物体の正体が戦略自衛隊から脱走したロボットと判明。疑惑が深まる一方でシンジとの関係も親密になっていき、芦ノ湖へデートに行き、選択によってはキスしたり混浴風呂に入るほどの関係へとなって行く。しかし彼女の謎の行動は言い訳できないレベルで怪しいものとなり、謎の少年との接触をシンジに目撃され、NERVやアスカからの疑いの目も強まっていき……。

この先ゲームのネタバレ注意

正体はアスカやNERVの危惧した通り、戦略自衛隊から送り込まれたスパイ。

色仕掛けで篭絡するターゲットとして碇シンジに接触していた。

スパイとして送り込まれる前は、戦自の制作した陸上巡航艦トライデントのパイロット候補だったが、本機の操縦性の欠陥から内臓を壊してしまいパイロットを降ろされる。

この事を踏まえ、この操縦性の欠陥を克服するために目をつけられたのが、使徒との激しい戦闘を行っているトライデントと同じく少年少女がパイロットをしているエヴァンゲリオンの機密情報だった。

このエヴァンゲリオンの機密情報を得るために、ちょうどエヴァチルドレンと年齢が同じだった彼女に白羽の矢がたつことになる。

しかし彼女は、少年兵時代に仲の良かったムサシとケイタ両名のトライデントによる脱走も手引きしていた。ケイタが捕えられたことでこのことが戦略自衛隊にばれ、更に既にスパイだという事を知って利用するつもりでいた碇ゲンドウ達の手により捕えられ、そのまま恩に着せるために戦略自衛隊に引き渡されてしまう。

その後、彼女は脱走したトライデントのパイロットをおびき寄せ、降伏させる人質・餌として使われる事になる。

マナに騙された・父に利用されたと落ち込んでいたシンジだが、加持リョウジとアスカに発破をかけられたことで奮起し、協力するトウジとケンスケの三人で彼女を救い出そうとする。トウジ達の焚火で戦自の隊員を全員おびき寄せ、無人になった拠点に侵入したシンジはマナと接触するが、そこに出現したトライデントにより事態は混迷を極め、パイロットのムサシ・リー・ストラスバーグにマナは連れ去られてしまう。

エヴァとは違う意味で機密の塊であるトライデントをパイロットごと全てを無かったことにするため、N2爆弾をのせた戦略自衛隊の戦闘機が近づく中、シンジは彼女を救出しトライデントを制止するために出撃することになる。

鋼鉄のガールフレンド　特別編では

シナリオが修正・追加された『鋼鉄のガールフレンド　特別編』では、シンジが第三新東京市から逃げ出し、偶然再会したマナと昭和歌謡『神田川』の歌詞の二人のように狭い下宿で初々しい夫婦のような生活を送るエンディングを迎えることになる。

使徒やネルフ、戦自の問題などすべてを投げやっていることと、アスカがパイロットを辞めて加持の押しかけ女房として同棲し、一人暮らしでフリーになったミサトを露骨に狙った言動をする日向マコトなどおよそ本編らしくない展開を迎える、ある意味トンデモなエンディングのため、賛否が分かれることになった。

二次創作の霧島マナについて

元々からかなり積極的な性格の持ち主ということもあり、ちょい役としては勿論、恋愛対象外のキャラクターとしてシンジとアスカ、レイの関係を引っ掻き回す火付け役としての登場も多い。そういった事情もあって、ゲーム由来キャラクターとしての登場数は最多だろう。一方で、LMS(エヴァ)でマナがメインヒロインになる作品は登場作の総数に比べるとそう多くない。

本編以上にひょうきんだったり、大雑把だったり、ゲームマニアだったりと少なくない性格改変をされているキャラクターでもある。

名前、上述のスレンダーという身体的特徴や内臓を痛めているという設定などから所謂、マナ板キャラとされることも（余談だが、「鋼鉄のガールフレンド特別編」では、胸が小さい事を気にしているセリフが追加され、名実ともに貧乳キャラとなっている）。その他、少年兵という設定から鍛えていて筋肉質で腹が割れてたり、軍隊の癖があったりとネタキャラとしての登場も多い。

両者がともに登場するときは同じゲーム登場キャラクターということもあり、タイプはまるで異なるが山岸マユミと仲が良く、一方でアスカとは犬猿の仲という場合が少なくない。また「ぷちえぶぁ」ではマリの巨乳ぶりに対して敵愾心を燃やしているシーンがある。