尊皇攘夷思想を持ち、玉造勢と呼ばれる水戸藩の尊皇攘夷派の集団に属していた。しかし、玉造勢は粗暴な振る舞いが多く、藩庁を悩ませたことから、下村は捕縛され処刑を待つ身となってしまった。だが、文久2年、世論が浪士赦免論に傾き、激派が要職に返り咲くと、大赦令により出獄することができた。文久3年1月だった。この後、名前を芹沢鴨と改めたとされる。

出獄後、芹沢は江戸に向かい、上洛に際し将軍の警護を目的(本当の目的は尊皇攘夷運動の先駆けとなる事)として清河八郎が設立した浪士組に参加した。ここで、後に共に新撰組を立ち上げる近藤勇や土方歳三らと出会う。浪士組は京都到着後、朝廷の直属組織となり、尊皇攘夷を決行するため江戸に戻ろうとするが、芹沢や近藤などはこれに反対して京都に残る事を選択して浪士組を脱退した。

脱退後、芹沢は近藤らと会津藩に嘆願書を出し、会津藩預かりとなって壬生浪士組を結成した。これが後に新撰組となる。この壬生浪士組で、芹沢は近藤や新見錦と共に局長を務め、後には筆頭局長として組をまとめる立場となった。

壬生浪士組は八月十八日の政変を機に会津藩から新撰組という名を与えられ、芹沢は引き続き局長職を続投した。しかし、芹沢は壬生浪士組時代から商人への恐喝、力士との乱闘騒ぎ、酒の席での傷害事件、遊女への強制断髪など暴力行為に関する問題が絶えず徐々に立場が危うくなっていて、そしてとどめと言わんばかりに、1863年(文久3年)8月12日に　京都葭屋町一条にあった生糸商大和屋に金策を断られた腹いせに大和屋に大筒を放ち炎上させる。(大和屋事件)その結果、浪士組参加から1年も経たない1863年(文久3年)9月、芹沢は度重なる暴力行為からとうとう朝廷から逮捕命令が出てしまい、これを受けた会津藩を経由して新撰組隊士の近藤、土方、山南敬助らに芹沢一派に対する処罰を行うよう密命が出された。

そして密命から数日後、9月15日、まず芹沢の右腕だった新見が祇園の料亭「山緒」にて局注法度違反により切腹し(諸説あり)、更にその3日後の18日に新撰組は島原の角屋にて隊士総出の宴を開き芹沢も同志たちと共に参加する。その後部下の平山五郎や平間重助と共に屯所へ戻り泥酔して就寝いたところを新撰組隊士数名に襲われ、部下の平山と妾のお梅と共に暗殺された。(この際に平間は逃亡し、もう1人の部下だった野口健司は同年の12月に切腹した。)事件後、暗殺事件は長州藩によるものとして処理された。

芹沢の写真

ネット上で「芹沢鴨の写真」として体格の良い侍が従者と写っている写真が紹介されることがあるが、これは誤りで芹沢の写真は存在しない。情報源は永六輔の『幕末の素顔日本異外史』に収録された写真で、その書籍に収録された写真はすべて米国国立図書館に所蔵のものである。同書には顔立ちの良い青年剣士の写真が収録されており、この写真は沖田総司として収録されているが、これも誤り。

創作上での扱い

新撰組を扱った作品での大半は酒に溺れ手の付けられない凶暴な悪漢として描かれることが多い。

しかしその反面、堂々としていて大将またはリーダー格の器を持ち、粛清される時など近藤ら試衛館派に大きな影響を残すことがあり完全に憎めない存在になることもある。

小説

『幕末新選組』

永倉新八を主人公とする池波正太郎の小説。

このなかでの芹沢は一種の性格異常者で酒が入ると手に負えなくなるなど大筋は一般的な芹沢像だが、同門の神道無念流である永倉のさっぱりした気性が可愛がっていた亡き弟にそっくりだという理由で自ら永倉の髭剃りをするなど何かと面倒をみ、自分の酒は悪い酒だと熟知しながらも、そうなるには人間、余程の理由があるのだからと永倉からの自らの生い立ちへの問いかけには答えず複雑な過去を匂わせるなど人間味ある面が描写されている。

そんな芹沢との関係で永倉は芹沢暗殺役からは外され、永倉は芹沢の死を心から悼んでいる。

実写・ドラマ

『大河ドラマ 新選組!』

演:佐藤浩市

壬生浪士組(新選組)筆頭局長。剣術や学問の実力を備えた一廉の人物だが傍若無人で他人はおろか自分すら信じれず自身の弱い部分を突かれると己を律しきれなくなる。そして酒癖も悪い。

近藤達とは清河の画策に反対し共に京に残った同志だが自分とは違う真っ直ぐな生き方でありながら、自分に敬意をもって接してくる近藤に徐々に引け目を感じ始め、大阪の力士との乱闘事件で近藤が実直な対応で解決したことでコンプレックスを募らせ遂に商家大和屋を襲撃してしまう。そして自分たちに粛清命令が下され暗殺当日の夜、隊士総出の宴の際非情になりきれず自分に今夜起こる事を話そうとする近藤に対して「鬼になれよ近藤、鬼になって俺を食っちまえよ。遠慮はいらねえよ。」と覚悟を告げ部下の平山と平間を連れ屯所へ戻る。そして、自分を粛清する刺客の中に前から一目を置いていた沖田がいたことを確認した際に「嬉しいぜ」と零し、土方、沖田と死闘を繰り広げ最終的に暗殺され、沖田に刺された際にはどこか満足げな笑みを浮かべていた。彼の存在は近藤達に大きな影響を与えた。

余談だが佐藤の父である三國連太郎は1969年に公開された三船敏郎制作の「新選組」で芹沢鴨を演じていて親子二代で芹沢役を演じた。