完全版オリジナルの要素として、&ナックルズのステージに入ると虹色のスペシャルリングが出現するようになり、それに入るとマスターエメラルドの神殿にワープされ、そこでスーパーエメラルドを入手するためのスペシャルステージで遊ぶことができる。すべて揃えるとソニックはハイパーソニック、テイルスはスーパーテイルス、ナックルズはハイパーナックルズに変身できる。但し、一度虹色リングに入ってしまうとカオスエメラルドは没収されてしまいスーパーエメラルドを揃えるまでは変身できなくなるので注意。

なお、カオスエメラルドを全て集めていない場合は引き続き金色のリングが出現しソニック3のスペシャルステージに入るが、マッシュルームヒルゾーンの最初に登場するものだけは演出の都合か集めていなくても虹色になる。

ソニック・ザ・ヘッジホッグ・その他のソフトの場合

説明書では「『ソニック・ザ・ヘッジホッグ2』『ソニック・ザ・ヘッジホッグ3』以外のタイトルとの接続は故障の原因となりますので絶対に行わないでください」と注意書きされていたのだが、これは真っ赤な噓。

ソニック1・その他のメガドライブソフトをロックオンすると、ソニック3と本作のスペシャルステージである『ブルースフィア』を遊ぶことができる。

Wiiバーチャルコンソールでの配信以降はしばらくリメイクされなかったが、ソニックオリジンズで久しぶりに収録された。

ソニック・ザ・ヘッジホッグ

ソニック1を接続すると、収録されている1億通り以上のステージを遊ぶことができる。

普通にクリアした場合は次のステージへ1つ進むが、リングを全部取った状態(パーフェクト)でクリアするとステージを10個飛ばすことが可能である。クリア時に表示される12桁の数字のパスワードをメモをして、ゲーム開始時に前回クリアした時のパスワードを入力すれば続きから始めることができる。

ゲーム開始時にボタンを押すと色が変わることがあるが、これはキャラクターの選択である。青はソニックで赤はナックルズになっており、どちらも能力は同じである(テイルスは使えない)。

その他のソフト

タイトル画面の色が異なっており、差し込んだカートリッジに応じたステージを1つだけ遊ぶことができる。パスワードの入力はできないが、パーフェクトクリア時にそのステージのパスワードが表示され、上述のソニック1ロックオン時にこのパスワードを入力することで、同じステージがプレイ可能である。

ステージ構成

マッシュルームヒルゾーン

キノコが蔓延する丘陵地帯で、前作と同様の肩慣らしステージ。ただし、前作からの繋がりを意識しているため変則的なギミックが多めで、難易度は少し高い。

ACT1は緑が生い茂って夏のような雰囲気だが、ACT2ではエッグマンの装置により季節が進み、紅葉化した秋のような雰囲気になる。

『ソニック・ザ・ヘッジホッグ3』をロックオンしてプレイした場合、ソニック編のステージ開始位置が変わる。

『ソニックジェネレーションズ青の冒険』で再登場する。

フライングバッテリーゾーン

飛来してきたエッグマンの空中要塞に侵入していく。

ACT1は直線、ループ、カタパルトなどスピードを出せる構造が多い。

ACT2はトラップの傾向が変化し、回転する螺旋スロープや網チューブ、一定時間で上昇・下降を繰り返す電磁鉄球や足場など、慎重な動きを強いるギミックが増加する。

『ソニックマニア』に再登場する。

サンドポリスゾーン

ACT1は砂漠の都市に飛び込んでいく。比較的広大なエリアが多く、曲線的なスロープが多数存在する。

ACT2では照明が落ちるとヒュードロが襲来するピラミッドの内部に潜り込む。

前作のアイスキャップを彷彿とさせる無限ループ場所があったり一定時間だけ開く扉などが多数存在し、刻一刻と状況が不利になる中で、全体的に激しい敵の攻撃やトラップをくぐり抜ける必要があり、タイムアップに気を付けながら攻略する必要がある。

ラバーリーフゾーン

溶岩が流れる鉱脈の中へと侵入していく。

溶岩に触れるとダメージを受けるので慎重に進む必要があるが、フレイムバリアを持っていればこの溶岩のダメージを完全に無効化することができ、難易度を大幅に下げられる。

ACT1のボス突破後、溶岩が冷え固まることによりその様相を一変させ、ACT2では神秘的な雰囲気の漂う水晶洞窟に進入していく。

ソニック&テイルスとナックルズでACT2のゴール地点が異なり、ソニック&テイルスではナックルズにより転落させられたところで墜落したデスエッグの再発進に遭遇し、エッグマンとの対決。ナックルズではボスに遭遇せずそのままヒドゥンパレスゾーンへ入る。

『ソニックマニア』でも再登場。

ヒドゥンパレスゾーン

ラバーリーフゾーンの洞窟の最深部にあり、マスターエメラルドやスーパーエメラルドが安置されている神殿。非常に短く、敵もナックルズ以外には全く存在しないが、ストーリーの鍵を握る重要なゾーンとなっている。

『ソニックマニア』で再登場しており、ナックルズでこのエリアに入った場合、本作のことを思い出す描写がある。

なお、前々作であるソニック・ザ・ヘッジホッグ2の没ステージに同名のステージがあるが、本作とは無関係。

スカイサンクチュアリーゾーン

エンジェルアイランドの上空に浮かぶ神殿でマスターエメラルドの守護者であるナックルズですら入ることを禁じられている場所。ソニックとテイルスはナックルズの案内の元、デスエッグを追いかけるため、この神殿の転送装置を辿っていくことになる。空中であるが、足場がなくても上昇気流がある場所が多く、転落の危険性は少なくなっている。道中でソニックの迎撃のためにデスエッグから複数出撃したエッグロボがザコ敵として登場。更にメカソニックがエッグモービルにて二度勝負を仕掛けてきた上、最上部で本人自身が決戦を挑んでくる。

ナックルズでプレイすると、浮遊するエンジェルアイランドを背景に、復活したメカソニックとの最終決戦となる。

『ソニックジェネレーションズ白の時空』で再登場する。

デスエッグゾーン

『ソニック2』の時とは違って非常に広大なステージ。

電撃トラップが多く存在するためサンダーバリアがあれば有利に進める。

ACT1では右方向に重力がかかるエンジンらしき機構を突破する場所があり、ACT2でも重力反転トラップを利用して突破するシーンなど、技巧に満ちた物が多い。

テイルスおよびエメラルド未回収のソニックの場合ここが最終ステージとなり、ACT2のボスを撃破するとエンディングとなる。

ストーリー進行上、ナックルズではこのゾーンに進むことはできない(裏技のアクトセレクトを使用すれば行けないこともないがACT1のボスであるレッドアイに攻撃が届かないため詰む)。

ザ・ドゥームズデイゾーン

ソニックでスーパーエメラルド(またはカオスエメラルド)を全て取得してデスエッグゾーンをクリアすると突入する隠された真の最終ステージ。マスターエメラルドを持って逃亡を図るエッグマンとの最終決戦。

ハイパーソニックまたはスーパーソニックの専用ステージであるため、エメラルドを揃えないとこのステージに入ることはできない。また、ハイパー/スーパーソニックは無敵なのでダメージは受けないが、時間経過とともにリングを消費し0になると解除されてミスになってしまうため、残りリング数に気を付けながら攻略する必要がある。

裏技のアクトセレクトを使用すればテイルス・ナックルズでも行けるが、キャラのグラフィックがバグって表示される。

余談

本作と次回作「カオティクス」を以て、クラシックソニックの2Dアクションゲームは一旦幕を閉じ、セガハードの最終ハードドリームキャストからモダンソニックを中心とする3Dアクション主体のゲームへと移行することになる。
マスターエメラルドはモダンソニックになって以降も登場はしていたがスーパーエメラルドに関しては本作きりで以降ソニックがハイパー化することはなくなった(ナックルズも同じようにハイパー化していたが、以降の作品ではなれないという設定になった)。
前編後編含めて本作のソニックのドットは過去作と比べて配色が濃くなっている。このソニックは以降使われることなく、原点回帰の「ソニックマニア」でも、2以降に近いものを採用している。