　このエネルギーは一旦マイクロブラックホールという形で炉心内に現出する。ブラックホールはホーキング輻射というエネルギー放射によって蒸発すると考えられており、それはブラックホールが小さいほど早いとされる。したがって炉心内のマイクロブラックホールは誕生から間もなく蒸発し、大量のエネルギーを放出する。そうやって放出されたエネルギーを利用するというのが波動エンジンの仕組みである。

　ちなみにどういう原理で余剰次元を解放しているのかは不明。劇中では「ブチンスキー波動方程式」という架空の方程式が登場している。

　波動砲は、この余剰次元の展開を炉心内ではなく外部（砲の射線上）で行うことで、多数のマイクロブラックホールの生成と蒸発によって射線上の物体を軒並み吹き飛ばすという兵器になった。しかし、炉心内という制御された空間ではないので、万が一事故が起きれば宇宙に甚大な被害も与え得るらしい。

　これに関する詳細は波動砲へ。

真空のエネルギー

　別の解説（解釈）では「真空の相転移」を利用しているとされる。公式資料中ではなく、「宇宙戦艦ヤマト2199でわかる天文学」（『2199』の科学考証の人が出した本）での解説だが。

　水が高いところから低いところへ流れるように、エネルギーも大きいところから小さいところへ移動する（熱で例えると、熱いところから冷たいところへ熱が移動し、最終的に全体で均一の熱さになる）。

　そして、エネルギーを取り出す際にはこの移動が必要となる（水力発電が分かりやすい。流れのある川に置けば水車が回って電力を得られるが、流れの無い池に置いても水車は回らず何の意味も為さない）。

　宇宙に関して言うと、「真空」というのは「無」ではなく、「プラス」と「マイナス」がお互いが打ち消し合って結果的に「±0」という状態のことであり、エネルギー自体は存在している。しかし、局所的に見れば多少のエネルギーの高低差（エネルギー密度の差）はあるものの、全体で見れば凪いだ海のごとくなだらかのため、エネルギーを取り出すことはできない。

　しかし、宇宙膨張などによって時空の性質が変化すると、真空の状態も変化する。これが「真空の相転移」と呼ばれる。

　上記の海に例えると、凪いでいることに変わりはないが、海水面自体が上昇ないし下降する。もし、この2つの状態が直接繋がるようなことがあれば、当然海水面の高い海から低い海へ水が流れる。流れさえあれば水力発電が可能となる。

　それと同じことで、要は「真空の相転移」が起きると真空に相当するエネルギー状態も変化するので、この前後の状態を連結することができればエネルギー差から「流れ」が生じてエネルギーを取り出すことができる、という理屈。

　「真空から無限にエネルギーを取り出す」という説明はこれに基づいている模様。『2199』第3話にて徳川機関長が呼んでいたマニュアルにも「その原理は未だ未解明なところがあるが、宇宙のインフレーション急膨張に生じたのと同様な状態を再現し、真空のエネルギーを取り出しているものと考えられている。」と書かれている。

　『2199』第10話で起こった時空の性質が反転した空間に入ったことエネルギーを放出してしまうという現象も、エネルギーの高低差が逆転しているにもかかわらずそのまま連結してしまい、エネルギーが逆向きに流れてしまった故。

　相転移前後の宇宙を繋ぐというのは、言い換えれば過去の宇宙と現在の宇宙を繋ぐということになるらしいが、やはりどういう原理かは不明。

　ちなみに先述した徳川のマニュアルによるとこの連結には大量の反物質が必要とされ、その反物質は補助エンジンから供給される電力で生成機を稼働させて作り出すらしい。波動エンジン始動時には大量の電力を消費しているが、どうやら補助エンジンを回すのに使っている模様。