しかしながらゲームとしては凡庸な内容であり、前作の完成度の高さ故にファンからの評価は芳しくなかったが、高難度化の一途を辿る当時のシューティングゲームとしては序盤の難易度が比較的抑えられており、背景と共に流れてしまい回収が困難だったミス後のマルチプル（オプション）の再回収手段も改善され、前作にはなかったエクステンドやコンティニューも可能となっている。また、エンゾニック前田こと前田尚紀による楽曲も評価が高い。

ストーリー

星間歴 0999‥‥。

亜空間生命体「ドゥーム」が侵略を開始した。

彼らの出現により宇宙空間に歪みが生じ、人類が開拓してきた

様々な星系は亜空間にのみこまれていった。

かろうじて逃れた人々は母星グラディウスを最後の拠点として反撃を開始した。

今、人類最後の希望を賭けて、 2機の超時空戦闘機が発進する。

ビックバイパー、スーパーコブラ！

発進！！

ゲームシステム

全6ステージ構成2周エンド。ステージによってスクロール方式が変化するのは前作と同じで、ステージ1、3、4、5が横スクロール、ステージ2、6が縦スクロールとなっている。ただし、縦スクロールステージには地形がなく、高低差の概念がなくなったことで地上の敵を攻撃するミサイルが廃止された点は前作と異なる。

最終ステージクリア後は2周目に突入し、敵の攻撃がより激しくなると共に敵撃破時に撃ち返し弾を放つようになり、コンティニューも不可能となる。

オプションシュート

装備しているオプションを消費して行う特殊攻撃で、オプションシュートボタンを押し続けているとオプションが発光し、ボタンを離すとオプションが周囲の敵目掛けて飛んでいき、ダメージを与えた後に消滅。攻撃終了後は消滅したオプションと引き換えにオプションシードが1つ出現する。複数のオプションを装備している時はボタンを押し続ける長さに比例して射出するオプションの数が増えていく。

オプションシードを装備している時は自機の周囲を高速回転して敵弾を防ぐシールドとして機能するが、オプションを同時に装備している状態ではオプションが優先される。

アイテム

特定の敵を倒すと出現。ステージによって出現するアイテムが決まっていた前作とは違い、どのアイテムが出現するかはランダムだが、自機の装備の状態によって出現するアイテムが変化（自機の強化が進んでいない時ほど有用なアイテムが出現）。ちなみにステージ1の序盤に出現するゴーレムは正攻法では倒せないが、この仕様を逆手に取ることで撃破できる場合がある。

スピードアップ

最大5段階まで自機の移動速度を上げるが、ミスをしない限り減速はできない。

オプション

前作ではマルチプルという名称だったが、本作では『グラディウス』シリーズ準拠のオプションとなっている。自機の移動・攻撃に同調する特性はこれまでと同じで、ゲームシステムの項で述べたオプションシュートが使用可能。

オプションシード

自機の周囲を回転しながら単発のノーマルショットを常時発射。オプションシードを2個取得するとオプションに変化する。ステージクリア時に残っていたオプションシードはオプションに変換される。

レーザー

自機のY軸移動に同調する直線状のレーザーを発射。ボタンを押す長さに比例してレーザーの長さが変化し、耐久力のないザコ敵は貫通する。Lアイテムをもう1つ取得すると一定時間ハイパーレイに強化され、レーザーが太くなり、より長く伸びるようになる。

リップルレーザー

徐々に広がるリング状のレーザーを発射。攻撃範囲は広いが、発射速度は遅め。Rアイテムをもう1つ取得すると一定時間バスターリップルに強化され、リングが更に拡大する。

ツインレーザー

連射性を重視した2連装の短いレーザーを発射。リップルレーザーとは逆に徐々に攻撃判定が小さくなる。Tアイテムをもう1つ取得すると一定時間スピアレーザーに強化され、レーザーの幅が広くなり、連射性も向上する。

ミサイル

自機の斜め下方に投下される若干の地形追従能力を備えたミサイル。Mアイテムをもう1つ取得すると斜め上下に2発のミサイルを同時発射するツインミサイルとなる（もう1度取得するとミサイルに戻る）が、地形に接触しても追従はせずそのまま消滅する。縦スクロール時はミサイル・ツインミサイル共に左右に2発同時発射するが、発射角度は若干異なる。

フォースフィールド

前作は自機の前方のみを防御する『グラディウス』のシールドと同等の性質だったが、本作では『グラディウスⅡ』の同名の装備と同じように機体全体を防御可能となった（７発まで防御）。他のアイテムよりも出現率は低めで、敵や地形に接触すると削れやすく、取得後はゲームの難易度が目に見えて上昇し、敵の攻撃が激しくなる。

プレイヤー機体

1P側はビックバイパー、2P側はスーパーコブラを操作するが、機体の性能差は無いもののスーパーコブラはビックバイパーに比べて難易度の上昇速度が低めに設定されている。（各機体の解説は月刊ゲーメストの記事より引用）

特殊全域型戦闘機（グラディウス防衛軍最終兵器）ビックバイパー

その機体デザインは、惑星上、大気のある環境下での行動（飛行）も考慮し翼を有してはいるが、大気圏内専用機（要するにジェット戦闘機など）のそれとは違い、その翼は昇降舵、方向舵などは有さず、翼に頼った姿勢制御は行わない（もとより宇宙戦闘機の大出力および機体剛性は空気抵抗など問題としない）。

機体中央から斜め上方に大きく張り出すこのユニットは、大型化した尾翼などではなく、これこそビックバイパーの心臓部、あらゆるエネルギーを変換し巨大な推進力、多種の攻撃バリエーションを生み出し、そしてあのオプションを発生させるメインパワージェネレーターユニットである。

その内部に搭載されるマルチエネルギーコンバーターはいまだ開発途上にあり、機体は実戦投入されながらもいまだに開発中である。

とはいえ量産用のプロトタイプなどではなく、機体に使われるパーツは、最もシビアな品質管理の下、少数生産されたカスタムパーツで、その多くは、量産パーツの実用強度を凌ぐものが使われている（本機体は6機目のビックバイパーであり生産2機目に当たる機体を先代として大きく改良発展させた機体である。細かな部分で先代の特徴を受け継いでいる）。

機体後部左右にはパワーブースターおよびサブエンジン（十分なメインエンジンとしての推進力を有するメインパワージェネレーターの発生させる最大推進力〈測定不能〉が超絶なためサブエンジンと称される）を搭載する。

いかなる環境下においてもメインパワージェネレーターは、機体の推進器として有効であるが、サブエンジンにその任を譲り、その発生させる全パワーを武装ユニットへ供給するときにビックバイパーは最終兵器と化す。

突撃型強行戦闘爆撃機（主力戦闘機コブラ改）スーパーコブラ

スーパーコブラに搭載される攻撃システムは、ビックバイパーのもつメインパワージェネレーターよりマルチエネルギーコンバーター部分のみ独立させ武装ユニットと組み合わせ実用化した統合型可変攻撃システムユニットが用いられている（不完全ながら擬似的にビックバイパーと同様の武装バリエーションおよびオプションを発生させることが可能）。

一体化のため大型化したユニットは機体背面に搭載され、本機のシルエットを特徴的なものにしている。

これは本ユニットが主力機コブラの機体にビックバイパーの多機能攻撃性能を移植すべく開発されており、その際、機体側への改造を極力抑える設計がなされているためであり、ビックバイパーの攻撃システムと同様に独立したフォース発生ユニットを装備していれば、そのシルエットはビックバイパーによく似たものとなっていた。

当然その際には、機体の改造では済まなくなる。ベースとなった主力機コブラはメインエンジン3基を搭載していたが、中央の1基は統合型可変攻撃システムユニットを搭載するため取り外された。

推力を補うためにサブエンジン2基がユニットをはさんで左右に搭載されている。結果若干、出力アップしている。

本機体は実用1号機であり、未だ量産体制にはないが、コブラの生産ラインから生産途中の機体を流用して完成させており初めからスーパーコブラとして誕生している。