概要
遊我達の住むゴーハ市にそびえたつ大企業にして、本作品の敵対組織のような存在でもある。通称「ゴーハ社」。
なお、ゴーハ社のシンボルは六角形をイメージしておりゴーハが関係の事や物すべてには何かと「6」という数字が関わっている。
作中のデュエルは本来ゴーハ社が開発した物でデュエルディスクを介して発信されるユーザー情報を完璧に管理している。そしてそれを上書きした新たなルール「ラッシュデュエル」を快く思っておらず、ラッシュデュエルを生んだ遊我を敵視しており、ラッシュデュエルの撲滅を目論んでいる。
しかしラッシュデュエルの広まるスピードと規模は既にゴーハに制御できる状態ではなく、八方ふさがりとなったゴーハ社は発想を転換。
謎の存在からの提言により、ラッシュデュエルの大会を開くことで「ゴーハ社が作り出した新たなデュエル」として周知させる乗っ取り作戦に出た（ちなみに遊我の方は「ラッシュデュエルを広める」ことが目的であり権利に拘っていないため、むしろ乗り気）。
実はこの裏でラッシュデュエルのプログラムを削除する陰謀が進んでいたが、仲間の報告でこれを知った遊我はルークとの決勝戦と並行して、最初にラッシュデュエルをインストールした時の応用で削除されるプログラムを片っ端から再インストールすることで阻止に成功している。
構造
基本的には社長の直下に幹部「トップ・オブ・ヘキサゴン」があり、さらにその下に色々な部署が連なっているスタンダードな構造。
内部人事の入れ替わりが激しいのが特徴で、社長であるゴーハ兄弟の下、代理を務める社長ドローンこと「ドール」によりゴーハ（・ユウオウ）に不利益・反抗的と判断された場合片っ端からクビ・降格が言い渡される。
これは本人の能力や挙げて来た成果などは一切考慮されないらしく、元トップ・オブ・ヘキサゴンのミミも幹部→社長→平社員→社長→平社員……とかなり立場の浮き沈みが激しい。
なおマキシマム編においてトップ・オブ・ヘキサゴンは事実上解体されている。
ゴーハ兄弟についてもユウオウが記憶を操作されている疑惑が浮上しており、メインキャストがほぼ小学生ということもあって、ゴーハの創設者辺りが黒幕にいるのでは？ という説もある。
また、ゴーハ兄弟編の後半ではユウオウにより遊我たちがゴーハ社の社員として雇用されている。
関連タグ
クライアス社：比較的近い時期の放映作品での企業としての敵組織繋がり。
