戦闘は従来の剣やそこからの遠距離攻撃を使った技がメインだが、竜巻斬りやトルネイドアタックが電気属性に変異した「竜巻雷鳴」や「スパークトルネイドアタック」に加え、肩当てから撃ち出される「ショルダーランチャー」、モノアイの様な機械から発射される「アイビーム」、身体に電気を纏って歩き迫る「プラズマウォーク」等の機械的な攻撃パターンが追加されている。

全体的に動きは遅く、これまで歴戦で多用してきたガードはあまりしない。

一方で、メタナイトボーグのHPが高い為か火力の低いソードやニンジャなどの攻撃ではほとんど体力ゲージを削ることができない。

そのため、ハンマーなど高火力な能力がおすすめできるだろう。

この時点での戦闘では倒しても画面奥から落下するだけで、その後はハルトマンワークスカンパニーに回収される。

スージー曰く、この際になんとスクラップと呼べる程になっていたらしい。

メタナイトボーグ改

スクラップと化した メタナイトボーグに、

カンパニーのえいちがそそがれ、大がた

アップデートされた最新のサイボーグ兵士。

もはや、かれを 正気にもどす 手立ては

残されていないのだろうか…？

6面「アクシスアークス」のボスの一体として強化改造を施された状態で再戦することになる。

スクラップの状態からカンパニーの技術でアップデートし、眠ることなく働き続ける無慈悲な戦闘ロボとして仕上がっている。

肩当てや靴を中心に赤を基調としたカラーリングに変化している他、あの謎の赤いパーツがややサイズアップしている。

モノアイに赤い機体、そしてビームサーベル…それはかの赤い彗星を彷彿とさせるデザインである。

勿論戦闘面は強化されており、ミサイルの弾数やビームのサイズアップに加え、ダークメタナイトが使用していたグライドソードや画面奥からの竜巻斬りの竜巻雷鳴バージョン、エネルギー状の剣を巨大化させて使う

「メガビームソード」といった新たな行動パターンが追加されている。

体力がある程度削られると画面奥に飛び去り、あの赤いパーツを展開、巨大なアーム「バックアームズ」に変化させる。

背中からバックアームズを生やしたメタナイトボーグはまるでサソリのような異形の姿となり、もはやメタナイトとはかけ離れた戦闘マシンとなる。

アームを展開した後は、アームで殴りかかる「アームズパンチ」や「ラッシュパンチ」、アームで掴み激しく振り回す「アームズホールド」（ガード不可）、アームで自らの体を持ち上げ、画面奥や手前に移動させた本体から剣ビームを撃つ「アームズグリップ」など、更に激しい攻撃パターンが追加される。

しかし、この形態になるとナイト系列ボスで多用するガードを一切しなくなる上にアーム全体にも当たり判定が存在するので攻撃を当てるのが容易になる。動きもよりパターン化されるため、バックアームズは大きな弱体化も伴ってしまう諸刃の剣と言える。

さらに「ラッシュパンチ」はなんと後ろに回ってしまえばガラ空きなので反撃し放題になる。

（もちろん振り返って不意打ちを仕掛けることも無い。）

しかも、本体の寸前ならアーム攻撃が届かないのでダメージを喰らわずに済むという欠陥的な弱点も存在する。

撃破すると自我を取り戻して去って行くのだが、その際に本編シリーズでは『ドロッチェ団』以来（リメイク・外伝作品も含めると『あつカビ』のミニゲーム「空中探検隊EOS」以来）、そして3Dモデリングでの出演作品では初の仮面割れが発生し、久々にメタナイトの素顔を見ることができる。（ちなみに瞳の色が白から黄色に変更されている）

戦闘が終わるとスージーは「マザーコンピューターが作ったマシンが二度もやぶれるなんて…」と驚きを隠せない様子だった。

その後はカンパニーの社長、そしてマザーコンピューターとの連戦となる。

メタナイトは最終決戦前に戦艦ハルバードに乗り、元の姿になって現れるがそれを見る限り肉体への改造は行われていなかった模様（機械のパーツを被せたレベルだろうか）。

戦闘BGM

正式曲名：「己が精神との闘い」

作曲者：石川淳

1戦目では通常ボス戦の曲「VS.悪のカンパニー」が流れるが、2戦目（メタナイトボーグ改戦）では専用BGMに変化。

『スーパーデラックス』に収録されているモード「メタナイトの逆襲」のメタナイト戦で流れる、「VS.メタナイト」の正統派アレンジである。

『毛糸のカービィ』以来、約6年ぶりのアレンジとなる。

強化量産メタナイトボーグ

メタナイトが主役の隠しモードではメタナイトボーグ改をベースにした実用化すれば量産することを視野に入れたセキュリティマシンの試作型が登場。ベースのベースとも言えるメタナイトと戦うことになる。

量産化が検討される辺り、メタナイトボーグはカンパニーに気に入られたのだろうか。

詳細は強化量産メタナイトボーグを参照。

余談

通常のメタナイトと比べ弱体化された部分が多いことを皮肉って、「メタボ」、メタナイトボーグ改戦前のスージーが発したセリフにちなんで「社畜ナイト」という不名誉な渾名で呼ばれることもある。ダメタといいガラクタやしいたけ、そしてバイトといい、ナイト系ボスにはろくな渾名がつかないものである(尤も、これらのあだ名はあくまでもファンの二次創作によるものなので、使用する際はＴＰＯをわきまえる必要がある)。
メタナイトボーグ改のBGMが己が精神との闘いとなっていることから、一部では「改造後も洗脳に抵抗していたのでは」と推測する声もある。ゲーム内ではそのような描写は見られないが、毛糸のカービィで洗脳された時は洗脳に抵抗しており、『ディスカバリー』でも洗脳が効かなかったのであり得ない話ではないのかもしれない。
- これを踏まえてか、『ディスカバリー』に登場するメタナイト・幻の説明文には「おのが精神との戦いにうち勝つかれをのがしてしまう」という文言がある。
1度ステージボスとして登場し、終盤で強化されて再登場、計2度戦うことになるというのは、鏡の大迷宮におけるダークメタナイトと共通する。
上記の説明でも少し触れたが、実はメタナイトボーグの背中のパーツとメタナイトボーグ改(強化量産メタナイトボーグ)のとでは形状やサイズがやや異なる。アームを使わないメタナイトボーグのパーツは改や強化量産と比べると引っ込んだような形状になっている。ただ、アームの指の部分に当たるパーツはこの時点で付いており、この時点でアームを取り付ける準備工事をしていたのか、はたまたはよく似たプロテクターを着けていただけなのかは不明である。いずれにせよ、モデルの細かい所にまで差をつけるスタッフの拘りっぷりが窺える。
サイボーグ化にかかった費用は、D3砲（93億）の1/4とされている。つまり23億2500万ハルトマニーほどが投じられていることになる。
この件があってか、次作『スターアライズ』のタイトル画面では秘書スージーと遭遇したメタナイトが逃げ回っているパターン(アップデート3弾で追加)がある。ついでにダークメタナイトも過去作で面識が無い筈なのに逃げ回る。