概要
本作には最初に生まれた初代と、そこから派生した二代目が登場する（代替わりはしておらずどちらも登場する）。なお、初代、二代目ともにダークファルスとは異なり、知性や人格は持たない。
二代目については下記を参照。初代のその後および動向ついてはこちら、もしくはこっちのネタバレを参照（どっちもEP6の重大なネタバレを含むので閲覧注意）。
初代について
数百年前、当時のフォトナーたちは全宇宙に版図を広げていた。肥大化し過ぎた組織の管理者として全知存在の模倣体を生み出そうと考える。そこでフォトンの結晶に人格を持たせることで人造全知存在にしようとした。多くの失敗作を創り上げた末に、ついに完璧な性能と制御可能な個体を誕生させた。しかし、フォトンは他者の感情によって性質を変える特性があった。当時のフォトナーたちの『怠惰』が人造全知存在に反映されてしまい、変異を起こしてしまう。これが本作に登場する【深遠なる闇】（初代）である。
【深遠なる闇】は「フォトンを扱うフォトナーこそ宇宙の平和を乱す存在」と考え、与えられた管理統制の役割を果たすべく彼らの排除を始めた。手始めにダーカーを生み出し、全宇宙規模の戦争を引き起こした。これに対しフォトナーたちは、一人のフォトナーにフォトンを扱う能力を移植し、【深遠なる闇】を引き寄せるエサとした（フォトンを扱う力を持った者を優先して襲うため）。作戦は功を奏し、【深遠なる闇】は封印された。しかし封印の直前にダークファルスたちが産み落とされていた。フォトンを扱う力を失ったフォトナーたちではダークファルスに対抗できず、ダーカーから逃げるための長い旅が始まった。
シナリオ上での経緯
EP2-6「わたしがうまれたそのりゆう」
シオン及びルーサー亡き後のアークス再建において、アークスの目的を再確認するシャオの口からその存在が初めて明かされる。
そして10年前のダーカー襲撃事件まで時間遡行したプレイヤーは、ダークファルス【仮面】の不意打ちで致命傷を負った二代目クラリスクレイスことマトイを目にする。
【仮面】とプレイヤーの激闘の中、喰らってきたダーカー因子が暴走し、二代目クラリスクレイスを浸食。ダークファルスをはるかに凌駕する存在―【深遠なる闇】となりかける。
自分が闇の存在になることを悟った彼女は、白錫クラリッサの力を使い自らを抹消しようとする。
しかしこの時シャオの強制送還に巻き込まれ、力と記憶を失った状態で惑星ナベリウスに飛ばされてしまった。そして…
EP3-4「歴史を騙し、現在を喰らう」
今代の【若人】ことユクリータの前に先代【若人】と【敗者】の複製体をけしかける【双子】。
その所業に激怒した【巨躯】が乱入して【双子】と対立した際、【双子】は自らの目的が【深遠なる闇】になる事だと語った。
EP3-5「出来損ないの最高傑作」
スクナヒメをかばって【双子】に食われた先、体内の「内的宇宙」にて再会したルーサーにより、深遠なる闇の正体が語られる。
その正体とは、かつてフォトナーがフォトンの技術を利用し、シオンを模して建造したもの―
ルーサー曰く「フォトンに演算能力を持たせ、判断力を与え、全ての管理を代行させる、人類の怠惰のための『人造全知存在(アカシックレコード)』」。
しかし、当時文明の末期にあったフォトナーたちの負の感情に、フォトンが持つ「人の感情の影響を強く受ける」性質が反応した結果、
宇宙の全てを滅ぼさんとする負の権化―【深遠なる闇】と成り果て、ダーカーを生み出すようになってしまった。
フォトナー達がフォトンを扱う力を代償として封印したものの、膨大な量のダーカー因子がダークファルスやダーカーという形で残ってしまう。
全てのDFのダーカー因子を重ね合わせれば【深遠なる闇】と同等の因子が貯まり、新たなる【深遠なる闇】として復活する危険があり、
またルーサー曰く、【双子】はその「【深遠なる闇】の復活」という本懐のために、他のダークファルスを喰らったという。
シオンの演算能力をもってすればこうなる事をたやすく予見出来たにもかかわらず、彼女がそれを止めなかった理由を、ルーサーはこう推測して述べている。
「きっと、彼女は『寂しかったから』と……答えるんだろうな。」
EP3-6「大切なひとを守るために」
単身で黒ノ領域に向かったスクナヒメを助けるため、その後を追うマトイとプレイヤー。ダーカー因子を大量に取り込み、いつ暴走してもおかしくない状態だと一度はシャオに止められるが、制止を振り切って出撃する。
黒の領域の奥でダークファルス【双子】との決戦後、敗れた【双子】は二人の特殊な力―ダーカーを喰らう力があり、他のダークファルスを喰らっても【深遠なる闇】になれなかった理由を悟る。
そしてそれならばと置き土産代わりにマトイに向かって大量の「闇」を放つも、プレイヤーがそれをかばうように受け止める。しかしそれがトリガーとなって、プレイヤーの中のダーカー因子が限界に至った。
「「おめでとう。おめでとう。おかえりなさい……【深遠なる闇】」」
あわやダーカー因子が暴走し、【深遠なる闇】となりかけてしまうプレイヤー。
だがそのときマトイは白錫クラリッサの力でプレイヤーの中にあるダーカー因子をすべて引き受ける。
後から追ってきたサラが追いついたとき、マトイは既に【深遠なる闇】と化していた。
そして、気絶したプレイヤーのことを託すと、どこかへと姿を消してしまう。
EP3-7A「決断の日」
ダークファルス【仮面】によってナベリウスの「約束の地」に呼び出されたプレイヤー。
【仮面】は、自らの正体がマトイを救う為に時間遡行を何度も繰り返したプレイヤー自身の成れの果てである事、
マトイが【深遠なる闇】と化す運命は避けられないという事実をプレイヤーに突き付け、【深遠なる闇】が完全に覚醒する前に彼女を倒す道をプレイヤーに決断させる。
激闘の末、【深遠なる闇】―マトイは【仮面】と共にプレイヤーの持つ剣「コートエッジ」に貫かれ、消滅する。プレイヤーに「泣かないで、笑ってて。」という言葉を残しながら…
これで二人の望んだとおり、【深遠なる闇】は抹消された。
だが…
救うべきだった者を殺めてしまったことに対する未練・後悔・悲しみ…その負の感情によってコートエッジは黒く変質。
それを背負ったプレイヤーは、残された二人の闇を受け継いで新たな【仮面】となり、
彼女を救うための可能性を探すため、長く苦しい時間遡行の旅をすることとなる。
…これも、一つの答え。だが、答えは一つではない。
EP3-7B「あなたが生まれたその理由」
ナベリウスの「約束の地」で対峙する【仮面】とプレイヤー。
【仮面】の正体と避けられぬ運命を突き付けられてなお彼女を救う道を諦めないプレイヤーは、【仮面】と―自分自身との決着をつける。
決着後、プレイヤーに説得された【仮面】は、マトイを本当の意味で救うという願いを思い出し、二人でその道を選ぶ。
そしてナベリウスの浸食された世界「壊世区域」の奥、六坊均衡が創世器を用いて発動した結界内にて、【深遠なる闇】と化したマトイ―マトイ・ヴィエルと対峙。
マトイ・ヴィエルは壊世の主ともいえる「アンガ・ファンダージ」と合体し「ヴィエル・ヒューナル」となって激突するも退けられ、自我を取り戻す。
それでもマトイは、【深遠なる闇】を自分の中にあるうちに抹消しようと、アンガに自分を攻撃させて自害を図る。
プレイヤーが巻き込まれること承知で身を挺して庇い、二人して闇に包まれてしまう中、黒ノ領域で持ち去ったクラリッサを手にした【仮面】が現れる。
「起きろクラリッサ！否、シオンよ！」
「私たちの巡ってきた悠久の輪廻を、ここで終わらせる。そのために…力を貸してくれ。」
【仮面】はクラリッサの力を使い、二人の…そして壊世区域全てのダーカー因子を吸い尽くす。大切なもの―マトイを救うために。
幾らマトイと主人公がダーカー因子を削り、吸収する体質を持つと言っても彼らは元々正のフォトンを存在、対して【仮面】はDFであり、負のフォトンたるダーカー因子が結びつきやすいのは【仮面】であった。
そうしてマトイが【深遠なる闇】から解き放たれた瞬間、目の前が真っ白になり―気づけば、辺りは灰色の水の中ような精神世界。
そこに佇む【仮面】とシオンを前に、彼らが犠牲になることを憂い泣き崩れるマトイ…
そんなマトイに向かい、「泣くな、笑え」とあの時と同じ約束を交わす【仮面】…
【深遠なる闇】を受け取った事、全知の先の新たな歴史をプレイヤーに託すことを告げ、去っていくシオン…
やがて目を覚ましたマトイが見たものは、新たなる【深遠なる闇】の器となった【仮面】がどこへともなく去っていく後姿だった…。
かくしてプレイヤーもマトイも生き残り、新たな未来が紡ぎ出され始めた。だが、【深遠なる闇】もまた消し去ることはできていない。
新たなる【深遠なる闇】は、再び姿を現すこととなる。そう遠からぬ未来で…
緊急クエスト「世界を壊す流転の徒花」(2016/6/22のアップデートより強化版「世界を堕とす輪廻の徒花」に変更)
「緊急警報発令。惑星ナベリウス上空にて、【深遠なる闇】の反応が増大しつつあります。」
【深遠なる闇】は【仮面】の制御を破り、ついに顕現を始める。ダークファルス・ダブルを大量に作り出してそれを基点に障壁を張ることで足止めとし、その隙に惑星ナベリウスを喰らって全宇宙に拡散しようとしていた。
アークス達は力の限りを尽くしてダブルの壁を突破し、【深遠なる闇】と対峙。
果敢なる死闘の末、多くの揚陸艇を破壊されながらも、これを打ち倒し力を削ぐことに成功する。
【深遠なる闇】が敗れ力を削り取られた結果、【仮面】が主導権を取り戻すことに成功。
その隙をついて自らの能力―時間遡行能力を使い、自分自身の時間を巻き戻す。
すでに進行しつつあった惑星ナベリウスの崩壊はビデオテープめいて戻っていき、ついには【深遠なる闇】復活前の状態まで遡った。
【深遠なる闇】の顕現はこうして一度収まり、復活の一歩手前で惑星ナベリウスに縫い止められた。だが―
シャオ曰く、膨大なフォトンの塊ともいえる【深遠なる闇】と共に巻き戻るのはそこまでが限界と。
いずれまた【仮面】の制御を破って【深遠なる闇】は復活しようとし、またそれをアークス達が撃退して力を削いで…
いわば終わりの見えないループを繰り返すこととなる。(シャオも「いつまでもつかは分からない」と言っているが…)
希望の見えぬまま今も続いている、アークス、【仮面】と【深遠なる闇】の戦い。咲いても実を結ばぬはずの「徒花」が実を結ぶ奇跡は果たして来るのであろうか…
EP3-外伝「此処に在る意味」
【深遠なる闇】との戦いが始まっておよそ１ヶ月経ったある日、突如元【若人】であるユクリータの中から現れた少女アウロラ。
彼女の正体はフォトナーであり、即ちフォトナー文明の生き(?)証人。
当然【深遠なる闇】についてもアークスよりはるかに詳しく、その当時の背景も踏まえて話してくれる。
フォトナーがフォトンを扱う能力と引き換えに【深遠なる闇】を封印したことについて、全てのフォトンを一人に押し付けて共に封印する―即ち「たった一人を犠牲にして全てを救う」やり方であった。
EP3-7で何処かのガンデレキャス子が言っていたのはこのことだったのであろうか。
また、【深遠なる闇】となったもの以外にも人造アカシックレコードを製造していたことが判明。
最初に製造したものは性能こそ完璧だったものの、制御不能の失敗作であったため亜空間に捨てたとのこと。ドコ カデ ニタ ヨウ ナモ ノガ イタ キガ スル
そして何度も失敗してようやく制御可能なものが出来上がったが、その結末はEP3-5でルーサーの言ったとおりである。
その上で当時の最高権力の一人であったアウロラは、その末期の情勢についても語った。
他人を蹴落とすことしか考えぬ身勝手な輩による権力争いや、彼女の耳に入ってくる悪意ばかりの言葉の羅列…
そんな欲望や悪意に満ちた泥臭い世界でなら、【深遠なる闇】が生まれてもおかしくはないと頷けるだろう。
ナベリウスやリリーパに現れた壊世区域について、アウロラは「【深遠なる闇】の餌場」であり、そのエサが育つ場所と語った。
そしてそのエサの正体が…
作中ではエサと述べているが、設定資料によれば【深遠なる闇】の一部になるべく生まれてきたという。同化することでパワーアップさせてしまう。
EP5 序章「救い伸ばした手の先に」
シャオ主導の下【仮面】を救出する作戦が決行される。プレイヤーはヒツギの具現武装の力が転化されたコートダブリスを用いて【仮面】と【深遠なる闇】を引き離そうとするが、突如暴走した【深遠なる闇】に捕獲され、そのまま転移に巻き込まれてしまう。
その後、惑星シオンがあった場所に巨大なブラックホールが出現。ものすごい勢いで規模を拡大しており、放っておけば宇宙そのものを飲み込んでしまうという。
EP5 1章「救世の存在」
地球での一件を通じてエーテルとフォトンが結びつき、アカシックレコードの見る「夢」が具現化。それに気づいた【深遠なる闇】は融合を開始したのだった。
こうして、人造全知存在の変異体と、アカシックレコードの見る夢が一つになるという事態が引き起こされた。
EP5 2章「あっちの世界とこっちの世界」
ブラックホールの発生は【深遠なる闇】の仕業であった。取り込んだ物をエネルギーとして吸収し力を増幅させていた。
これにより【深遠なる闇】はダーカーの記録を書き換えることで強化し、自身の都合のいいように「改変」をしていたことが判明する。またオメガにおいてもダークファルスやその眷属ダーカーたちが姿を見せるようになった。
【深遠なる闇】の反応が世界中に点在し、消えたりしているため居場所を補足できない状態にある。
EP5 5章「象徴との遊戯」
最後のダークファルスである【双子】を撃破し、ついにプレイヤーはすべてのDFの力を手にする。
その途端、【仮面】のビジョンが脳裏をよぎり気絶してしまう。意識を無事取り戻したプレイヤーだが、このビジョンが何を意味するのか……。
EP5 6章「かくて英雄たちは此処に集う」
実はオメガの大地そのものが【深遠なる闇】の一部として表出していたのだ。【深遠なる闇】の反応が世界中に点在していたのはそのためであった。たとえるなら、プレイヤーたちは【深遠なる闇】の背中で冒険していたようなもの。
プレイヤーによって倒されたダークファルスたちの力は、地表を伝って【深遠なる闇】へと戻っていった。これこそがエルミルの狙いであり、彼はプレイヤーにダークファルスを倒させるように暗躍していたのだった。
しかもエルミルによってハリエットがエフィメラに取り込まれてしまい、巨大な繭が出現。そこを起点に闇が溢れ出し、じわじわとオメガを侵食して行った。
プレイヤーはオラクルとオメガの仲間たちから助力を繭に乗り込み、見事エルミルを倒してハリエットを救い出す。同時にエフィメラは浄化され、ブラックホールの消滅と同時に【深遠なる闇】の反応は完全に消失した。
シャオによればオメガは全知存在の具現したものでもあるとのことで、【深遠なる闇】が消えてもオメガはオメガとして残っているようだ。
こうして世界は英雄たちによって救われた。
しかし、【深遠なる闇】が消滅した際にそのエネルギーを利用した者がいた。
緊急クエスト「悲劇を願う破滅の虚影」
『彼女』が使ったエネルギーの残滓がエルミルの怨念と融合し、ダークファルス・ペルソナが誕生。プレイヤーに復讐を果たすべく変質空間からオラクルの次元へと境界を越えて出現しようとする。しかし、プレイヤーたち全アークスの力には及ばず討ち滅ぼされ、変質空間の向こうへと消え去った。
トリガークエスト「惨劇を招く破滅の虚影」
一度は倒されたダークファルス・ペルソナだが、崩界ダークファルス・ペルソナとなって復活。再び変質空間からオラクルへの侵攻を開始する。プレイヤーとの戦いで肉体を破壊され、変質空間の亀裂と共に消滅した。死を超越した怨念と闇をもってしてもプレイヤーに勝つことはできなかった。
エピソード・オラクルでは
ほぼゲーム版と同じ経緯で登場。ただし初代と二代目の区別は特につけられていない。
しかし、第22話におけるルーサーの解説の中でゲーム中に登場したものとも全く異なるシルエットの【深遠なる闇】が登場しており、後に公開されたEP6最後のレイドボスのとっておき映像においても同様の物と思われるエネミーが映っているため、これこそが初代の【深遠なる闇】なのではないかと推測されている。
ストーリーが原作から変更されており、自死を選んだマトイを庇ってアッシュが犠牲となってしまう。直後、マトイの悲痛な叫びに応えるように【深遠なる闇】はその精神を掌握。ヴィエル・ヒューナルに変貌すると同時に惑星全体が範囲の衝撃波によって全アークスを消滅させてしまう。
最早戦える者はいないかに思われたが、静観していた【仮面】によってアッシュは助けられ、マトイも闇を引き受けてもらったことで正気を取り戻す。
そして【仮面】はナベリウスの時間を巻き戻すことで消滅したアークスたちを死の運命から救い出し、【深遠なる闇】を抱えたまま過去の時間へと姿を消した。
このため緊急クエストで戦った【深遠なる闇】との戦闘はない。
形態
マトイ・ヴィエル
マトイが【深遠なる闇】と化した直後の姿であり、EP3-7Aのボス。
【若人】の蟲系、【巨躯】の魚介系、【敗者】の有翼系、【双子】の玩具系とあらゆるダーカーの特徴を備えたような恰好をしている。
だが一方で、壊世区域に姿を現す詳細不明のエネミー「アンガ・ファンダージ」にもどこか似ている。
SGスクラッチ「ブライトダークヒロイン」にてついになりきりアイテムが実装された。コスチューム「ヴィエルキュティス」とアクセサリー一式、武器迷彩「＊壊世錫杖レクイエム 」及び「イノセントキュティス」(EP3-7ラストシーン)が該当する。
ヴィエル・ヒューナル
マトイ・ヴィエルが前述のアンガ・ファンダージと合体した姿。事実上、エピソード3のラスボス。
アンガがフォトンブラストの幻獣のような姿をしているだけあり、各PBの攻撃を繰り出してくる。攻撃時の台詞にはマトイの面影はあるものの、人格は【深遠なる闇】に乗っ取られている。
ディーオ・ヒューナル
マトイに代わって【深遠なる闇】を引き受けた【仮面】(とシオンの残滓)の成れの果て。
結果として、【巨躯】【若人】【敗者】【双子】【仮面】の全てのダークファルスの因子が集合した姿。
顔と胸以外はヴィエル・ヒューナルとほぼ変わらないシルエットだが、攻撃はより熾烈化しているとのこと。
倒すと「幻精石アーレス」をドロップする。これを集めると、あのアンガ・ファンダージが超極稀にドロップする☆13武器「アーレスシリーズ」と交換できる。
その他、(この形態も【深遠なる闇】の為)後述する「深遠片カリギューラ」、
(ダークファルス因子の集合体の為)高レベルではダークファルスの破片「黒曜片ネロウ」もドロップする。
【深遠なる闇】
惑星ナベリウス上空で顕現した【深遠なる闇】完全体で、緊急クエストのレイドボス。巨大な花のような姿をしている。
その巨大さにもかかわらず、揚陸艇のミサイルを軽々と翻弄するほどの機動力を誇る。
支援システム「A.R.K.S.」があるとはいえ、攻撃頻度やパターンは熾烈であり、長期戦は必至。
なお、レンジャーのスキル「ウィークバレット」の効果は激減される。(2.55倍→1.2倍)
第一形態
花弁の外側についている武器付きの触手（爪・眼・孔・鎌の4種類）がそれぞれ独立した攻撃を仕掛けてくる。
花本体も巨大ビームソードや突進、他の揚陸艇を破壊して瓦礫をぶつけると多彩な攻撃を繰り広げてくる。
前半戦と後半戦に分かれており、後半戦は攻撃が激しくなるが弱点武器が2種類追加される。
なお、前半戦では前述のPSIVの深遠なる闇戦BGMのアレンジが流れる。
第二形態
花中央のコアから巨大な人型の上半身が姿を現し、揚陸艇上にいるプレイヤーを叩き潰そうとしてくる。
基本的には顔か両腕を攻撃することになるが、巨大な目玉のようなビットを全部つぶすと怯んで頭部を攻撃し放題になる。
終盤では「形を示せ」(「必ず潰す」「当たれば死ぬぞ」との説もあったが、SGスクラッチの【仮面】ボイスからほぼ確定)と言いながら極大攻撃「天罰」を繰り出そうとするが、
直後にノイズが走り、隔離された空間で現れた【仮面】（名称は【深遠なる闇】）との一騎打ちに移行する。
この時制限時間内に参加者全員の合計で一定以上のダメージを与えられればこの「天罰」を阻止できるが、止められなかった場合は「ここに滅べ」というセリフの後6桁ダメージの多段ヒットという即死どころかオーバーキル相当のダメージを喰らう。(ガード可能で、フォトンブラストやコンバットエスケープなどの無敵行動も有効。法撃防御により軽減できる)
なお、この演出は「【深遠なる闇】のコアとなっている【仮面】が主導権を取り戻しつつあり、精神世界で【深遠なる闇】と戦っている」という説がある。
見事天罰を止めることができると【深遠なる闇】が大きく怯んで揚陸艇に頭を激しく強打、顔面が開いてコアが露出するが、そのコアの中には【仮面】の姿が…
（なお、EP3-7をクリアしていると【仮面】でなくプレイヤーの姿に変化する。）
インヴェイドシリーズ
【深遠なる闇】撃破時にその破片が「深遠片カリギューラ」としてドロップする。
これを一定数集めてエクスキューブと共にジグに渡すと、☆13武器「インヴェイドシリーズ」と交換できる。
このインヴェイドシリーズは【深遠なる闇】の一部であり、装備した者を負の権化へと変える曰くつきの設定があるが、さらなるカリギューラやアイテムを集めて加工し、負の力を織ることで聖なる武器「オフスティアシリーズ」へと姿を変える。
(※インヴェイドシリーズや加工後の「オフスティアシリーズ」はクエストクリア時にごくごく稀にドロップすることもある。また、強化版である世界を堕す輪廻の徒花実装後、アークスの次世代主力武器という設定の武器である「レイシリーズ」をドロップすることがある。)
EP5設定資料集のネタバレ
【深遠なる闇】は守護輝士たちから逃れるべくオメガに入り込み、そのまま吸収される形で「オメガの大地」と一体化していた。
エルミルはハリエットという「器」をエフィメラに取り込ませ、黒き繭を生み出して大地から【深遠なる闇】を吸い上げようとしていた。あの黒き繭はまさに『繭』であり、【深遠なる闇】を復活させるためのゆりかごでだったのだ。
そして吸い出した闇によってオメガを侵食させ、全知存在を消し去ることで全宇宙の消滅を目論んだのだった。
なお、ダークファルスの因子が散ってしまったのはオメガと同化した際に依代である【仮面】の肉体が消滅したためだと思われる。
